Come la sua storia sta a dimostrare, Palazzo Clerici è sempre stato oggetto di adattamenti, alterazioni e ricostruzioni che hanno reso la sua architettura uno spazio dinamico in continua trasformazione.
Gli interventi di conservazione del Palazzo ebbero inizio negli anni '40 con i restauri dell'Ing. Dotto e proseguirono poi con i lavori di Nardis negli anni '60.
Oggi, Palazzo Clerici sta vivendo un'intensa stagione di restauri grazie agli sforzi congiunti dell'Ispi, della Soprintendenza per i Beni Architettonici e per il Paesaggio della Lombardia e di aziende e istituti particolarmente attente al patrimonio storico e artistico milanese come AEM, Banca Popolare Commercio e Industria, Esselunga, Gruppo IPER e UniCredit. A partire dal 2004, infatti, hanno preso avvio importanti progetti conservativi, volti sia al restauro degli affreschi e delle decorazioni sia al recupero di aree in condizioni strutturali particolarmente critiche.