Carlo Secchi è Vice-presidente dell'ISPI dall'11 luglio 2005; ne è stato il Presidente per il secondo semestre 2016. Attualmente è Professore emerito di Politica economica europea all'Università Bocconi di Milano, dove è stato Rettore nel quadriennio 2000-2004 e Professore ordinario dal 1983 al 2011. E' stato Presidente del Gruppo italiano della Trilateral Commission (2003-2016) ed è/è stato componente del Consiglio di amministrazione di Fondazioni e Istituzioni scientifiche e consulente per vari Enti e Istituti di ricerca italiani e stranieri, per Enti pubblici italiani e per l'Unione Europea. E' stato componente del Consiglio di amministrazione di varie Società e Banche italiane; attualmente fa parte del Consiglio di amministrazione di Mediaset e presiede l'Organismo di Vigilanza di Pirelli.
Per la Commissione europea, nel luglio 2009 è stato nominato Coordinatore europeo per i progetti infrastrutturali prioritari (TEN-T) tra Francia, Spagna e Portogallo e dal marzo 2014 è Coordinatore europeo del "Corridoio Atlantico". Nel 2013-2014 ha presieduto lo "High level group on business services" (DG industria e DG mercato interno).
E' stato Deputato al Parlamento europeo nel 1994-1999, dove è stato Vice-presidente della Commissione economica e monetaria. E' stato Senatore della Repubblica nel 1994-1996.
Le sue ricerche e le sue pubblicazioni riguardano la teoria del commercio internazionale e dell'integrazione economica, le relazioni finanziarie internazionali, l'economia e le politiche dell'Unione Europea, l'economia dello sviluppo, con particolare riferimento all'America Latina.